A.G.M.V.R. este organizată la nivel naţional, judeţean şi al Mun. Bucureşti, astfel:
- La nivel naţional, organele de conducere ale Asociaţiei sunt: Conferinţa Naţională, Consiliul Asociaţiei şi Biroul Executiv
- În teritoriu, are 44 de filiale (în cele 41 de judeţe plus 3 în Bucureşti – la Facultatea de Medicină Veterinară, la Institutul de Diagnostic şi Sănătate Animală şi la Direcţia Sanitară Veterinară şi pentru Siguranţa Alimentelor) – conduse de: comitetele filialelor şi conferinţele judeţene.
FILIALELE TERITORIALE – sunt conduse de Comitetele Filialelor (alcătuite din Preşedinte, Vicepreşedinte, Secretar, Comisia de cenzori) – alese pe perioadă de 4 ani de către Conferinţele judeţene – formate din cel puţin 2/3 dintre membrii filialei respective, şi care se întrunesc odată pe an – convocate de comitetele teritoriale, sau când se consideră necesar acest lucru. Comitetele Filialelor AGMVR – conduc întreaga activitate a acestora în intervalul dintre două conferinţe, perioadă în care duc la îndeplinire măsurile transmise de Biroul Executiv al Asociaţiei, precum şi hotărârile luate de conferinţele judeţene sau ale Mun. Bucureşti, organizează diverse manifestări ştiinţifice: simpozioane, seminarii, consfătuiri, sesiuni de comunicări, schimburi de experienţă etc., difuzează membrilor filialelor materialele documentare sau publicaţiile de specialitate primite, analizează propunerile şi intervențiile membrilor privind desfăşurarea activităţilor şi comportamentul socio-profesional, întocmeşte dări de seamă periodice pe care le înaintează Biroului Executiv al AGMVR, încasează taxele şi cotizaţiile lunare ş.a.